方法专利举证责任的立法规定在我国有一个逐步认识和发展的过程，基本可以分为三阶段：

　　（一）严格的举证责任倒置。

　　1984年我国第一部《专利法》第六十条第二款规定：“在发生侵权纠纷的时候，如果发明专利是一项产品的制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其制造方法的证明。”1992年最高人民法院《关于适用<民事诉讼法>若干问题的意见》第74条规定：“在诉讼中，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据，但在下列侵权诉讼中，对原告提出的侵权事实，被告否认的，由被告负举证责任：（1）因产品制造方法发明专利引起的专利侵权诉讼；…”。显然，此时的规定并不区分新产品和已有产品，对制造方法专利实行严格的举证倒置的原则，且被告需要对其产品制造方法承担完全的举证责任。

　　（二）区别的举证责任倒置。

　　1991年底，《与贸易有关的知识产权协议》（以下简称TRIPS协议）初步达成，在该协议第34条对方法专利的举证责任作了专门规定，在专利侵权诉讼中，如果专利的内容系获得产品的方法，，司法当局应有权责令被告证明其获得相同产品的方法，不同于该专利方法。成员应规定，至少在下列情况之一中，如无相反证据，则未经专利所有人许可而制造的任何相同产品，均应视为使用该专利方法而获得：（a）如果使用该专利方法而获得的产品系新产品；(b)如果该相同产品极似使用该专利方法所制造，而专利所有人经合理努力仍未能确定其确实使用了该专利方法。1992年我国《专利法》第一次修改时采纳了TRIPS协议给出的方案（a）。修改后的《专利法》第六十条第二款规定：“在发生侵权纠纷的时候，如果发明专利是一项新产品的制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其制造方法的证明。”与1984年《专利法》相比，增加了一个“新”字，表明只有新产品的制造方法才实行举证责任倒置，从而将已知产品制造方法的举证责任分配仍划入“谁主张谁举证”的一般原则范围之中。

　　（三）限度的举证责任倒置。

　　1992年《专利法》对方法专利举证责任的修改区分了新产品和已有产品，但在实践中仍有不完善之处。一是仅要求被告提供“其制造方法的证明”，有时不能清楚表明被告实施的方法与专利方法之间的异同，不利于法院和专利管理部门认定是否构成侵权，不利于达到规定举证责任倒置的立法目的。二是根据TRIPS协议第34条第3款的规定：“在引用相反证据时，应顾及被告保护其制造秘密和商业秘密的合法利益。”被告的制造方法往往涉及其商业机密，要求被告提供“其制造方法的证明”，如果不加以限制，会在披露的过程中不可避免地泄露商业秘密。其实，被告只要证明其产品制造方法的个别工艺步骤、化合物的个别组分等，与方法专利的某一必要技术特征不同也不等同，即为完成了举证责任。要防止权利人利用举证责任倒置来迫使被告公开其正当的商业秘密和技术秘密。因此，应当将被告提供的证明其产品产品制造方法的证据限定在必要的范围内，即以足以证明其产品制造方法与原告的专利方法不同为必要，而不是要求被告提供其产品的全部制造方法。有鉴于此，2001年《专利法》对此又作了修改，该法第五十七条第二款规定：“专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其制造方法不同于专利方法的证明；…”。最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第四条第一款第（一）项也规定：“因新产品制造方法发明专利引起的专利侵权诉讼，由制造同样产品的单位或者个人对其产品制造方法不同于专利方法承担举证责任。”